细菌脱硫即生物浸硫法，是利用嗜硫杆菌能够加速黄铁矿氧化而达到脱硫的过程。这种细菌生长在酸性环境中，最适宜温度35℃，它们能从Fe2+氧化成Fe3+时获得能量。脱硫速度与供氧量、水量、水质、温度和碱度有关，与黄铁矿的粒度、晶体亦有关。其化学反应原理为：通过含硫杆菌、含硫氧化物的作用，黄铁矿与氧和水转化为硫酸亚铁和硫酸；在存在硫酸和氧时，硫酸亚铁转化为硫酸铁；产生的硫酸铁进一步使一部分黄铁矿氧化为硫酸亚铁而游离出元素硫；含硫杆菌的存在也有助于硫氧化为硫酸，硫酸铁的部分水解作用会生产硫酸，使浸出液呈酸性；嗜硫杆菌也会直接使硫氧化为硫酸。研究表明，露天煤堆进行细菌脱硫不需要庞大的脱硫储存池，装卸、脱水、煤泥回收等工艺也可以简化，因此有一定的现实意义。