居于这一帝国行政结构顶端的是西印度事务院，它设置在西班牙，受到君主的严密监督。它负责作出一切重要的任命，并对殖民地事务行使一般管辖权。美洲的最高权力是委托给分别坐镇在墨西哥城和利马的两名总督。墨西哥城的总督领导新西班牙总督辖区，它包括北美洲所有的西属殖民地以及西印度群岛、委内瑞拉和菲律宾群岛。利马的总督负责秘鲁总督辖区，它包括南美洲剩下的西属殖民地。这两大总督辖区再分成较小的单位，由检审法院即地方议会统辖；检审法院是仿照以往为管理新从穆斯林手中解放的地区而在西班牙设立的机构建立的。这些检审法院配备的工作人员是专业律师，他们通常没有过多的家族自豪感或军事野心，因而成为理想的王室仆人。16世纪时，这种检审法院在美洲有10个。