翁甲寺是利用翁甲神山半山腰的一个溶洞修建而成，周围奇峰耸立，溶洞星罗棋布，主经堂坐落在溶洞中，高21米，宽29米，深36米，面积为1044平方米，古刹与溶洞浑然天成，这在寺庙建筑中很少见。洞内有钟乳石天然形成形态各异的飞禽走兽、佛像、桌、凳，洞中鸽燕窝密布，洞底有一小溪，清澈透明。石壁上那数百个天然形成的藏文“翁”字，正是翁甲寺的由来。 寺庙周围树木茂密，鲜花竞开，每逢春季，桃花盛开，杜鹃怒放，苍松翠柏争相辉映，各种飞禽走兽给这片土地带来了勃勃生机。 翁甲神山及翁甲寺都不收门票，如果在寺内喝酥油茶吃糌粑，可捐10-20元以示谢意。

四周自然景观有七仙女峰、睡狮、大象白螺、格萨王马鞍和珠牡王妃织机，莲花生大师的“铜色仙境”净土，藏区圣迹“独脚獐”，验证善恶的”阴间关道”和“地狱三角架”，除病祛邪的“净身瀑布”和镇寺之宝“金刚亥母猪象”（多吉帕果）等神奇绝妙的美景。每山每石的来历都有动人的传说，因而人们把翁甲寺视为康区普陀山。