温州海洋研究院由温州市人民政府与省海洋与渔业局共建，在省海洋水产养殖研究所的基础上建设这是继2002年市政府与国家海洋局东海分局共建温州市海洋环境监测中心后的又一项重大共建工程，将重点开发与保护近岸水域生物资源。

温州海洋研究院将原已存在的浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室、中泰海洋技术联合实验室、海洋生态文明国际联合研究中心、中国水产科学研究院海洋贝类研究室等四大重点实验室统归到研究院，并新设海洋研究中心、渔业研究中心、平台服务中心等三大中心，重点研究近海岸生物资源(主要包括浮游生物、底栖生物和渔业资源)，并加以科学保护和开发。

温州海洋研究院本部地点在浙江省温州市河通桥6－1号。