秦汉时，飞云江河口北岸在集云山南麓，南岸在平阳县昆阳镇的横屿山麓。 三国吴赤乌二年(239)吴国以横屿为中心的港湾，设横屿船屯，为当时主要的造船和水军训练基地；周围停泊万只船肪，古有“万船”之称。后港湾淤成陆地，仍沿用“万船”的谐音，改称“万全”垟（今平阳昆阳镇一带）。秦汉时，今市区的邵公屿(今市区东部)、西山、隆山、烟墩山等，与今飞云江河口外的上干山、双桃尖、凤凰山、丁山等岛一样，均为河口外的岛屿。

东汉时飞云江河口退至今城关大沙堤、小沙堤、浦后街一带，邵公屿、西山、隆山、烟墩山周围淤成陆地。这片陆地的西部桐浦、碧山、潮基、仙降、马屿、曹村等地至平阳坑以东均为古海湾，淤积成陆时间则比前者较早。今50米以下的平原，都为当时古海湾的浅海滩，海退时，逐渐淤成海积、冲积平原。

飞云江河口与瓯江河口之间的沿海一带，为海湾相沉积物基底上发育而成的淤积平原，为今温瑞平原南部。大罗山北部，白石山东部均为古海湾湖相平原，古海湾由经潮流带来的泥沙逐步填淤。在淤积过程中，历史上先形成泻湖型湖泊，今丽岙的帆游一带尚留有遗踪，南朝谢灵运《游赤石进帆海》诗中所称的“帆海”，即为此处。大罗山北部至今塘下镇一带，六朝时亦为湖泊、沼泽地，后淤成陆地。大罗山南仙岩、梅头、场桥、海安、鲍田、塘下、至莘塍均为海积平原，今平原上的人工河均在当时自然泻河的基础上，开凿、疏浚而成。