顽拗性种子（recalcitrant seed）是不耐失水的，它们在贮藏中忌干燥和低温。这类种子成熟时仍具有较高的含水量（30%～60%），采收后不久便可自动进入萌发状态。一旦脱水（即使含水量仍很高），即影响其萌发过程的进行，导致生活力的迅速丧失。产于热带和亚热带地区的许多果树如荔枝、龙眼、芒果、可可、橡胶、椰子、板栗、栎树等，以及一些水生草本植物如水浮莲、菱、茭白等，均属于顽拗性种子。要是将这些种子采收后置于室内通风处，往往只有几天或十余天的寿命。如可可种子适宜的贮藏条件是含水量33%～35%，温度17～30℃，贮藏期至少为70d；而当含水量低于27%,温度为17℃时，迅速失去发芽力。芒果、荔枝、龙眼、木菠萝等种子在15℃中贮藏较佳，而在5～10℃出现低温伤害。

贮存顽拗性种子的方法主要有两种，一是采用适温保湿法，可以防止脱水伤害和低温伤害，使种子寿命延长至几个月甚至1年。如将木菠萝种子先部分脱水，使种皮趋于风干状态，然后放在能适度换气的塑料袋中，15℃下贮藏460天，发芽率仍保持90%。将茭白种子贮于水中14个月，发芽率仍有86%。橡胶种子贮于水中1个月，发芽率在60%以上。水浮莲种子是需光种子，贮于暗中可保持休眠不萌发。另一种比较有希望的方法是用液氮贮藏离体胚(或胚轴)。经低温贮存的橡胶种胚已取得再生植株。