外源性抗原是指APC从细胞外部摄取的，存在于细胞囊膜系统内的蛋白质抗原。此类抗原在被溶酶体降解成短肽后，通过MHCⅡ类分子提呈给CD4+T细胞识别，诱导CD4+T细胞参与的免疫应答。经专职APC摄取，加工，处理，提呈的外源蛋白质均属于此类，抗原识别受MHCⅡ类分子限制。

外源性抗原并非自身抗原的同义词，外源性抗原也不等到于非已抗原。内源性抗和外源性抗原的区分是根据它们在进入加工途径前所处的位置，即位于细胞内还位于细胞外来确定的。任何抗原，无论是自己的，还是非已的，如在胞质内加工，都称为内源性抗原，而进入内体加工的都称为外源性抗原。因此，自身的蛋白质，如可溶性MHC分子，或细胞膜结合的蛋白质分子，如被APC摄入后进入内体加工，则虽然为自身蛋白，也称为外源性抗原，反之，在宿主细胞中复制的病毒在宿主细胞中产生的病毒蛋白和胞内感染的病原体等虽属非自身蛋白，但由于存在于胞质内，也称为内源性抗原。

外源性抗原和内源性抗原在细胞内加工的部位，所结合的MHC分种类以及与MHC分子发生结合的区室是截然不同的，加工过程中涉及的酶，细胞内转运过程中所需要的信号或伴随蛋白等也是不同的。