土壤自净作用是土壤本身通过吸附、分解、迁移、转化而使土壤污染物浓度降低甚至消失的过程。只要污染物浓度不超过土壤的自净容量，就不会造成污染。一般地，增加土壤有机质含量，增加或改善土壤胶体的种类和数量，改善土壤结构，可以增大土壤自净容量（或环境容量）；此外，发现、分离和培育新的微生物品种引入土体，以增强生物降解作用，也是提高土壤自净能力的一种重要方法。

污染物进入土壤系统后常因土壤的自净作用而使污染物在数量和形态上发生变化，使毒性降低甚至消失。但是，对相当一部分种类的污染物如重金属、固体废弃物等其毒害很难被土壤自净能力所消除，因而在土壤中不断地被积累最后造成土壤污染。

土壤自净能力一方面与土壤自身理化性质如土壤粘粒、有机物含量、土壤温湿度、pH值、阴阳离子的种类和含量等因素有关；另一方面受土壤系统中微生物的种类和数量制约。

一旦污染物超过土壤最大容量将会引起不同程度的土壤污染，进而影响土壤中生存的动植物，最后通过生态系统食物链危害牲畜及人体健康。因此，应根据不同土壤污染类型进行治理。