编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子。

同一种氨基酸有两个或更多密码子,称为密码子的简并性。由于密码子具有简并性，一个氨基酸的密码子大多不止一个，这些密码子就为同义密码子。

同义密码子通常只在第3位碱基上不同，这样可减少有害突变。密码子第3位碱基与tRNA反密码子不严格遵从碱基配对规律（摆动碱基配对），如tRNA反密码子第一位的I（由A转变而来）可与mRNA密码子第3位碱基U、C、A形成配对，U可对应A、G，因而密码子第3个位置又称摆动位置。