十六世纪初叶，以京都本国寺为中心的佛教日莲宗势力愈发壮大，与一向宗和天台宗的对立日深。天文元年（1532），大批一向宗门徒在本愿寺证如的授意下拥入京都“弘法”（实际上是四处抢掠）；日莲宗门徒则站在管领细川晴元一方阻击一向宗，并烧毁了一向宗的第二大寺院——京都山科本愿寺。于是日莲宗与一向宗四处开战，彼此互相杀戮。

天文五年（1536），上总国日莲宗妙光寺信徒松本久吉上京；途经天台宗比睿山延历寺时，恰逢延历寺高僧华王房开坛讲法。松本久吉前往听法，并当场指出了华王房的诸多错误；华王房不能反驳，因此被松本奚落。天台宗门徒大怒，夜袭松本留宿的日莲宗法华寺，将松本及法华寺僧众三百余人全部杀死。日莲宗门徒亦聚集了三千余人攻打延历寺，并进入京都抢劫，甚至放火焚烧公卿的宅邸。后奈良天皇震怒，于是下达了讨伐日莲宗的圣旨。管领细川晴元也转而支持天台宗，出兵镇压日莲宗。在形势有利的情况下，天台宗的五大寺院——延历寺、东大寺、园城寺、兴福寺和法隆寺组成了军事联盟，共同出兵讨伐日莲宗；不久之后一向宗也暂时加入了这一联盟。在多方势力的夹击下日莲宗损失惨重：近五万门徒被杀，畿内的十六所寺院（“日莲十六院”）也都被烧毁。直至天文十一年（1542）天皇才下旨取消对日莲宗的迫害，日莲宗门徒得以重建以本国寺为中心的“日莲十六院”。史称“天文法华之乱”。