天津市微生物学会的前身是中国微生物学会天津分会，成立于1954年4月11日，由杨敷海任理事长，郑武飞任秘书，有会员34人。 文革后期乘全国科学大会的东风，在中国微生物学会的支持下，由当时在津的南开大学 周与良教授、天津医学院 任中原教授、天津第二医学院宛 吉斌 教授、天津工业微生物研究所王淑珍高级工程师、军事医学科学院四所的晁福寰研究员等老一辈微生物学工作者的组织和领导下，于1979年秋季，在天津市工业微生物研究所举行了天津市微生物学会成立大会,第一届理事会的理事长为宛吉斌，由周与良、任中原、晁福寰等组成第一届理事会。成立伊始，学会对当时天津市各高等学校和科研单位的微生物学工作者进行了调查和登记，发展第一批会员约80余人，并定期进行会员的学术交流和学术年会，挂靠单位为天津市第二医学院。至1984年进行第二届理事会改选，仍由宛吉斌连任理事长。1989年进行第三届理事会改选。王淑珍为理事长，蔡永峰任秘书长。会员发展为229人。1993年挂靠单位改为天津市工业微生物研究所。1994年进行第四届理事会改选，但因形势改变，学会工作处于维持状态。

1996年在中国微生物学会的亲自过问和指导下，天津市微生物学会进行整顿，挂靠单位改为南开大学生命科学学院微生物学系，由 邢来君带头组织第五届理事会的改选工作。同时进行了学会会员的重新登记和发展工作，共吸收会员235人。于1997年6月在军事医学科学院四所召开了天津市微生物学会第五届会员大会及学术年会。第五届理事会理事长为 邢来 君，杜连祥、张新生、蔡永峰、李冬田、赵龙章为副理事长，李明春为秘书长。为了便于交流和开展学术活动，组建了工业微生物、医学微生物、基础微生物学和农业微生物四个专业委员会。除了各专业委员会的日常交流之外，学会每两年组织一次大型学术报告会和会员优秀科研论文的评选和推荐发表工作。