明初，厦门称“中左所”。明洪武二十七年(1394年)，为抗御倭寇侵犯，在厦门筑成厦门城，厦门之称从此始。城建成后，朝廷在此设置守卫千户所。移永宁卫中、左所于厦门岛，配战船20艘，士兵1204名，时厦门地方行政仍归属同安县。清顺治三年(1646年)，清兵进逼福建，忠于明王朝的郑成功占据厦门、金门作为“复明”根据地。

顺治十二年二月，郑成功改中左所为思明州，寓思念明朝之意。州署设知州及吏、户、礼、兵、刑、工等六官，广纳明遗官员，分理军政各事。

作为南明朝廷国家级政区的一个组成部分。永历十七（公元1663年）一月改思明州为思明县。康熙十九年（公元1680年），清军攻取厦门、金门，废思明县，厦门岛重新归属同安县。