水环境保护功能区又称水质功能区，是全面管理水污染控制系统，是维护和改善水环境的使用功能而专门划定和设计的区域。通常由水域和排污控制系统两部分构成。建立水质功能区的目的在于使特定的水污染控制系统在管理控制上具有可操作性，以便使水环境质量及各种影响因素的信息得到有效的科学管理。因此、一个水质功能区应具备以下的内容和要求：①对水域及其排污系统（包括产污、排污、治理到水体的各水质控制断面）的结构及其空间位置给以系统地确定和定量化；②建立起水污染控制系统的污染物流及其信息流的监控手段；③建立起系统内各过程的关联关系以及各种关键信息间加工转换的定量模型和软件。这样，既能满足全面管理水质的需要，又能满足高效率加工转换水质管理信息的要求，以便用尽可能少的基础数据，获得有关水质监测、模拟、评价、预测、控制、规划等信息。