生态农业指标体系是衡量生态农业建设成效的标准和参数，反映系统的生态经营和环境管理水平。它应能同时反映经济系统和环境系统所发生的过程和变化趋势。它包含功能、经济效益与社会效益、资源与环境、生态经济综合效益四大指标体系。利用费用-资源分析法最终判定全系统的总净效益。