沈卓吾幼名孔才，生于如皋县磨头镇。家境清寒，父亲以教书为业，早年病故。母亲代人家做针线、洗衣服，将他抚养成人。沈卓吾初在商店学生意，后来到如皋工业学堂当职员。因聪敏好学，被送江南高等工业学堂补习工艺，毕业后留校为技师。因为经常和同学谈论革命，被人告发。他得到将被逮捕的消息后逃往日本，改名荦，字卓吾。在横滨，沈卓吾谒见孙中山先生，加入同盟会，奉命回国策划起义，曾为革命党人焦达峰秘密运送枪械至湖南。辛亥革命成功后，沈卓吾回到如皋，与姜渭璜等人合资创设花边结网公司，开如皋妇女手工产品销往国外之先河。其后，他在上海主办《工商日报》和《中国晚报》，宣传三民主义。当河北、河南、山东、陕西、甘肃等省旱灾时，他积极向南洋华侨劝募巨资，亲赴灾区赈济。沈卓吾和孙科交谊深厚。武汉国民政府成立前，沈任上海电报局局长。孙科任交通部长，委任沈为其所属电政司司长，后又改任财政部印花税处处长兼江苏印花税局局长及上海特区印花税处主任。民国十八年“孙总理奉安大典”，沈任奉安委员会秘书，主持编纂《奉安实录》。民国二十年罹难之前，沈已接受委任将赴南京铁道部任要职。

大德轮出事后，浮尸满江，但未见沈的遗体。后来家属悬重赏找寻，两个多月后，有人发现江边滩上有一尸体，面目已经模糊，根据衣服和袋里的一张名片断定为沈的遗体，后葬于如皋东门外仙鹤乡通扬运河北岸。丧礼极为隆重，铭旌系孙科所书。于右任书挽联：“大志已随流水去，舍身却为救人来。”

沈的文章、书法俱佳。《如皋中山钟楼碑记》系县长钱佐伊撰文、沈卓吾书。他的故居在冒家巷南端，子女皆在美国定居。