深圳市清华苑工程结构鉴定有限公司的前身先后为：深圳清华大学研究院城市建设研究所及具有综合甲级设计资质的深圳市清华苑建筑设计有限公司的工程结构诊治中心，成立于1999年7月，是深圳市最早开展建筑物结构安全性检测鉴定的单位之一。自成立后，与清华大学结构检测中心合作，共同承担工程结构检测鉴定、加固设计及增层改造等业务，并同时承担科研任务。公司还聘请两位工程院院士作为公司顾问，长期指导工作。并拥有一支既能承担工程结构检测与鉴定社会服务，又能承担国家重大科学研究课题的理论水平高、工程经验丰富的专业技术队伍。2008年12月16日，经相关部门批准成立了由深圳市清华苑建筑设计有限公司全资控股的独立法人子公司，名称为“深圳市清华苑工程结构鉴定有限公司”，原公司的检测鉴定业务全部纳入新公司。

深圳市清华苑工程结构鉴定有限公司是宝安及龙岗两区建设局批准可从事历史遗留生产经营性违法建筑检测鉴定的首批单位之一。2005年，公司被深圳市建设局纳入可在深圳市内从事建筑物结构安全性检测鉴定的五家单位之一。2007年，深圳市建设局和深圳市公安局联合发文公布了五家可在深圳市从事旅馆业建筑结构安全检测鉴定的单位，该公司位列其中。近几年来，深圳市各区均公布了租赁经营场所、清无工程的检测鉴定单位名单，该公司也位列其中。2008年11月，深圳市建设局发文批准我公司为深圳市学校房屋安全鉴定六家单位之一。2009年11月，该公司获得了由广东省质量技术监督局颁发的计量认证证书。2009年12月，该公司获得了由广东省住房和城市建设厅颁发的建设工程质量检测资质证书。2010年5月，该公司获得了由中国合格评定国家认可委员会颁发的实验室认可证书。2010年11月，深圳市建设局发文批准我公司为深圳市网吧、游艺娱乐场所、歌舞娱乐场所第一批房屋安全鉴定六家单位之一。2010年12月，获光明新区建设局批准，深圳市清华苑工程结构鉴定有限公司可在该区从事历史遗留违法建筑的检测鉴定工作。