扫叶居藏书楼始建于清代道光元年（1821年），由清代清江名医傅二月所建。傅二月（1790-1871），字叔明，号扫叶居主人，又号临樟居士，江西清江人，道光年间医名最盛。“扫叶居”之名来源有两种说法，一说是傅二月早年收藏了大量苏州扫叶山房刻版的医书，因而称自己的书房为扫叶居；一说是古代称医学界为杏林，留存下来的医书验方非常繁多，而要去芜存菁却不容易，就像把落叶扫去一样，因而称扫叶居。扫叶居以收藏医书古籍著称，江南民间无出其右。

据现存南京图书馆的收藏统计，其中医经7种、基础理论5种、伤寒17种、诊法9种、针灸推拿6种、本草37种、方书112种、临证各科58种、养生4种、医案医话医论24种、综合性著作9种，其中不乏宋版医书，而且抄本众多，堪称一绝。部分藏书曾收藏于上海商务印书馆涵芬楼，1932年毁于战火。其余部分在解放后由傅氏后人献给国家，现藏于南京图书馆。