公元1645年，风雨飘摇的弘光小朝廷内，闹起了所谓的“三疑案”，即大悲案、太子案、童妃案。首先是大悲案。大悲是个和尚，俗家姓朱，潞王信佛，曾和他认做本家。由于东林党人曾想立潞王为帝，所以弘光帝对潞王一直严加防范，生怕他夺了自己的帝位。此时大悲和尚来到南京，弘光帝怀疑他是来为潞王刺探情报，便将他下狱，定成死罪。其次是太子案，有一个自称是崇祯太子朱慈粮的年轻人，从北方来到南京，弘光帝又怕自己的宝座被他夺去，匆匆定他是假太子，投入狱中。最后是童妃案，当年李自成攻下洛阳时，时为福王世子的朱由菘扒城逃脱，在开封与周王府宫女童氏私定终身，而今童妃千里寻夫到南京，他却坚不承认，将他投入狱中折磨而死。

这三案闹成满城风雨，引起一系列的连锁反应。尤其是太子案，加速了弘光政权的灭亡。当时镇守南京上游的左良玉，早年是东林党人侯恂一手提拔起来的，跟东林党人关系很好，与马、阮等阉党和弘光帝相互猜疑，太子案为他提供了一个借口，于是他便以清君侧的名义浮江东下，与此同时，清朝豫亲王多铎率领的清军在进占西安，击败李自成农民军之后，正以狂风暴雨之势，横扫中原，直扑江北，进抵淮河一线。此时的弘光帝与马士英等人，却命令江北防线的明军回师攻打左良玉，以致江北防线大开，不战自乱。