1952年,在全国高校院系调整中,老南京大学解散,文、理学院与与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并,建立新南京大学,校址从四牌楼迁至鼓楼金大原址,工学院在四牌楼旧址建立南京工学院,师范学院与金陵女子大学合并建立南京师范大学。
南京大学的百年历史,大致可以分为三个时期:
其一为三江师范学堂至国立东南大学时期(1902~1927);
其二为国立中央大学时期(1927~1949);
其三为南京大学时期(1949~2002)。
南京大学的另一个来源是金陵大学,从1888年汇文书院成立,至1952年与南京大学合并,金陵大学历经64载春秋,因此,《南京大学百年史》大略分为四编:
第一编:三江师范学堂至国立东南大学时期(1902~1927);
第二编:国立中央大学时期(1927~1949);
第三编:南京大学时期(1949~2002);
第四编:金陵大学(1888~1952)