若尔盖县藏医院自建院以来，为继承和发掘藏医宝库作出了重要贡献，是阿坝州藏医医疗、教学、科研中心。全院藏医药人员占95%，年门诊量52640人次，住院量412人次。医院人才荟萃，有一批资格老、造诣深、在各自专业上有独到之处的高级人次。

若尔盖县是四川首届十大名中医旦科老师的故乡。该院还有四川省第一个民族医学的专科——胃病专科。他是全国第一所全民所有制县级藏医医院，是我州唯一一家融藏医临床、科研、教学为一体的综合性藏医医院。该院有160多种藏药（医院制剂），其中夏萨德西丸已经进入临床二期。

若尔盖县藏医院于2010年12月引进1名从事植物药研发的留日硕士，此举大大增强了若尔盖县藏医院藏药研发的能力。为若尔盖县藏医院成为阿坝州藏药开发最强县打下了坚实的基础。