Windows 98 美化版 这个新的系统是基于Windows 95上编写的，它改良了硬件标准的支持，例如MMX和AGP。其它特性包括对FAT32文件系统的支持、多显示器、Web TV的支持和整合到Windows图形用户界面的Internet Explorer，称为活动桌面(Active Desktop)。

此外并在记忆管理中，改进了Windows 95将16位元程序码与32位元程序码，在同一记忆体区段混合存放，易导致一个程序发生错误就会连带造成整个系统当机的问题。从Windows98开始，记忆体管理上有革新的进步，即是将16位元与32位元程序码放在不同记忆体区段执行，一旦某一应用程序错误，可以单独关闭该程序，但不影响整个系统持续正常的运作。

从Windows 98开始的多进程操作系统，也与Windows 95的先占性多工有着完全不同的改善。它可以由使用者决定是平均分配系统资源进行多工，或是将某一个较不急于达成、或完成时间较长的程序设为背景（后台）执行，高度的增加多工作业的实用性。

虽然Windows98有许多方面的不完善，但是由于所有的Windows 9x 都可以进入纯DOS的操作界面，使其在系统崩溃时可以不需要DOS启动盘就进行修复，这也是它的一大优点。因为现在的WINDOWS XP/VISTA/2000都不能进入纯DOS界面，所以想修复必须靠DOS启动盘、机子上的另一个WINDOWS 9x或把硬盘与其他装有WINDOWS 9x的电脑连接，不是很方便。