南水北调博物馆2006年由河南省文物考古学会执行会长、省文物局副局长孙英民出于对南水北调中线工程河南段出土文物的保护而提出，后来河南网民因淅川移民为南水北调中线工程做出的巨大牺牲又提议在淅川县建设“丹江口库区移民博物馆”，后来此建议得到当地官方的回应，称建馆意义重大。并受到时任河南省委书记的徐光春高度重视，徐光春表示利用南水北调工程，可以考虑筹建南水北调博物馆，充分展示这一工程的沿线风土、生态景观和文化遗产。

选址

河南省是南水北调中线工程5省市中渠线最长、移民最多、投资最大、文物点最多，涉及文物保护点330处，需发掘、搬迁296处。自南水北调文物保护工程启动以来，出土了6万余件珍贵文物，具有重要的历史价值、文物价值、艺术价值和科学价值。

淅川

其一：丹江口库区移民涉及河南16.2万人，全部集中在淅川县一个县，淅川为南水北调工程做出了非常大的牺牲，在淅川建设南水北调博物馆具有重大的纪念意义。

其二：参观南水北调工程，人们重点会看南水北调的“水龙头”——渠首工程，南水北调博物馆将成为一个亮点，更会带来巨大的经济效益。

荥阳

其一，这里是长江通过南水北调干渠与黄河的交汇处，对纪念南水北调工程、弘扬两大母亲河文化具有特殊的意义；

其二，向北可眺望整个穿黄工程和壮丽的黄河景观，是感受世界最大跨流域调水工程和中华民族母亲河的最佳场所；

其三，这里文化底蕴深厚，往东6公里是楚汉战争古战场鸿沟和黄河中下游分界处的桃花峪，再往东2公里是郑州邙山游览区和毛主席提出南水北调设想的小顶山，往西5公里是三国时三英战吕布的虎牢关；