1989年，“南农烧鸡”作为科技新产品在南京农业大学诞生。南农烧鸡选取上等肉用仔鸡做原料。在传统工艺上经科学配方、技术处理研制的南农烧鸡，浓香爽口、肉质鲜嫩、暖胃健脾、脂肪含量低。中药调制,香透入骨,开胃健脾,余味无穷.是赠送亲友的上等礼品！南农烧鸡不仅保留了传统烧鸡的“香、鲜、酥”的特点，口感不腻，回味甘爽，并具有低脂肪、低热量、营养丰富、保质期长的特点。

1996年，南农大实验牧场注册“南农”商标后，将之转让给了江苏康泰食品有限公司。 经过一系列的转手后，2005年，“南农烧鸡”又回到了“江苏康泰”的手中。但是当年，因为逾期未年检，“江苏康泰”被工商部门吊销营业执照。2006年1月6日，“南农”商标到期，无人提出续展。20天后，另外一家食品公司向国家商标局提出申请，抢注“南农”商标。经过了长达三年的沟通和协商后，南京农业大学终于和抢注商标的食品公司达成协议，昨天合作成立“南京南农食品有限公司”。至此，“南农烧鸡”才正式回归南京农业大学。

2010年 9月16日，南京南农食品有限公司正式成立，宣告长达近10年的“南农”商标博弈以和平解决告终。 1984年，南京农业大学食品科技学院在一位教授主持下，使用中草药及食品香料为佐料，辅以陈年老卤和独特生产工艺，研制了“南农烧鸡”，并很快打开了南京及周边地区市场。1996年，南京农业大学下属独立法人——实验牧场注册了“南农”商标，之后又转让给了江苏康泰食品有限公司。以后“江苏康泰”因为逾期未年检，被工商部门吊销了营业执照，2006年1月6日，“南农”商标到期，无人提出续展。而就在20天后，南京伴味食品有限公司向国家商标局提出申请注了“南农”商标，文＋图形、注册范围，均与南京农业大学实验牧场1996年注册的“南农”商标一致。 南京农业大学表示，“南农”商标属于无形资产，代表学校的品牌和形象，要夺回“南农”商标。面对南农大的说法，“伴味食品”负责人称“自己很冤”， “尽管股权转让手续不完善，但我确实付出了转让费用。可以说，‘南农’烧鸡有今天的名气，完全离不开我这些年来的坚持。” 双方的争执一直持续到今年。南京益生园投资管理有限公司（与“伴味食品”是同一法人）和南农大经过磋商，决定合资组建“南京南农食品有限公司”，共同拥有“南农烧鸡”这个品牌，共同进行产品研制开发和市场推广。 南农食品公司负责人表示，公司将以高校技术为支持，以“南农烧鸡”为龙头，逐步发展卤菜、杂粮、保鲜蔬菜。