南京市社会科学界联合会（简称南京市社科联）成立于1984年7月，是中共南京市委领导下的以推动、协调全市社会科学研究和普及为主要任务的学术性群众团体，是南京市社会科学界的联合组织，历任主席为刘平（市委副书记兼）（住会主持工作副主席胡立峰）、李之荣、胡序建（市委副书记兼）（住会常务副主席、党组书记陆剑杰）、汪正生（市委副书记兼）（住会常务副主席、党组书记周直），现任主席、党组书记为叶南客。南京市社会科学院（简称南京市社科院）成立于1997年1月，是南京市政府领导下的正局级事业单位，是南京市政府直属社科学术研究机构，与南京市社科联合署办公，第一任负责人为周直（常务副院长主持工作），现任院长为叶南客。

1984年7月11日，南京市社科联成立，全称为“南京市哲学社会科学联合会”， 1995年12月更名为“南京市社会科学界联合会”，办公地点先后设在北京东路41号21号楼市委宣传部内、白下路257号市委党校1号楼内、进香河路35号地质学校内、成贤街114号，2003年5月办公地点迁至成贤街43号至今。

1996年，南京市社科联由行政编制改为事业编制（16名），实行事业单位的职称、奖金、工资等人事管理制度，内设为办公室、学术学会处、城市科学研究所、南京文化研究所。1998年，南京市社科院正式组建以后，南京市社科联恢复行政编制（8名），参照国家公务员制度管理。2002年机构改革，南京市社科联、社科院人员核定编制为26名，其中市社科联专项编制12名，参照国家公务员制度管理，市社科院全额拨款事业编制14名，内设为办公室、科研管理处、学会工作处、经济发展研究所、社会发展研究所、文化与历史研究所。2005年以后，根据接收军转干部和工作需要，陆续又增加了内设机构和人员编制，2007年9月，南京市社科联社会科学普及工作处挂牌。目前，南京市社科联行政编制20名，行政附属编制4名；南京市社科院事业编制15名，实有总人数41名。联（院）领导班子成员4名。

此外，2005年以来南京市社科院还与有关单位先后联合成立有中国（南京）城市发展战略研究院、河西新城发展研究院、南京市民意调查中心以及南京教育科学研究所、国际和平研究所、南京市非物质文化遗产保护研究所、江宁人口与发展研究中心等研究机构。