南京市第十三中学红山校区为十三中目前唯一真正的初中校区（人事、财政、师资都隶属于十三中本部），系江苏省示范初中。学校教师均是十三中的优秀师资，教学水平和敬业精神在南京市和玄武区有口皆碑，学校管理严谨，校风是南京市最好的初级中学之一。硬件方面拥有目前南京市内初中最好的条件，各种现代化设施一应俱全。

2010年，学校又扩建了东校区，供初一新生使用。东校区建有食堂和体育场。

校园占地面积24174平方米，有绿地面积约6000平方米；铺设了塑胶跑道和人造草皮的操场面积约6462.7平方米；学校拥有五层综合楼一幢，面积共12837.85平方米，含能容纳30个班的教学楼、实验楼、办公楼、音美楼，各种实验室和专用教室一应俱全。有含室内体育馆和学生餐厅的二层辅助楼一幢，面积近2000平方米。学校正在使用的26个普通教室和报告厅、多功能教室以及计算机房全部安装了多媒体教学设备和柜式空调，全部可以随时用多媒体在教室里上课。教师人手一台笔记本或液晶电脑。图书馆和阅览室面积达305.5平方米，藏书20000余册。

学校现有初中三个年级共31个班，初一年级11个班，初二年级11个班，初三年级10个班，共有在籍学生1600余名。