南京工业大学连云港海洋工程研究院成立于2011年1月，由连云港市和南京工业大学合作共建。 研究院将依托南京工业大学的品牌优势和学科优势、连云港市的政策优势、产业优势和区位优势，吸引海内外优秀人才；开展海洋资源利用、海洋化工与新材料、海洋生物医药等领域的研究开发，创造具有自主知识产权的核心技术，为提高连云港市的自主创新能力服务；依靠南京工业大学各学科知名教授、专家科研队伍和一流研究基地，为连云港市创新型经济提供智力支持。 连云港市科技局对研究院的载体建设项目给予了大力支持，南京工业大学教师以南京工业大学连云港海洋工程研究院为依托单位申报的前瞻性项目和产学研项目等3项课题已立项。