新疆军区下辖的军区之一，隶属于兰州军区。现为正军级军区。

历史：

前身为1950年组建的第二军兼喀什军区喀什军区，1951年11月，第二军兼喀什军区改称第二军兼南疆军区。

1985年6月，全军开始“百万大裁军”。根据中央军委命令，南疆军区被撤销，所属各军分区和野战部队转隶属新疆军区直辖。

1987年9月，根据形势的发展变化，新疆军区又重新组建了南疆军区，执行军级权限。1992年4月30日，中央军委下达军队体制编制精简整编总方案，取消了兵团级建制，新疆军区遂改为正军级，南疆军区改为副军级。1998年10月，在第9次精简整编中，新疆军区升格为副大军区级，南疆军区恢复为正军级。

中国现有七大军区为：北京军区，沈阳军区，济南军区，南京军区，广州军区，兰州军区，成都军区。其中除济南军区担当战略预备军区外，其他军区都有明确的职责和作战对象。其中，新疆军区是属兰州军区管辖。