南洞庭湖大口鲶青虾中华鳖国家级水产种质资源保护区总面积4.3公顷，其中核心区面积1.2万公顷，实验区面积3.1万公顷。核心区特别保护期为全年。保护区位于湖南省南洞庭湖水域，范围在东经112°38′-112°57′，北纬 28°36′-29°03′之间，北到营田闸，西至沅江市宝塔湖、漉湖，南连湘阴县洞庭垸、城西镇，东邻湘江。核心区分为三部分：西口核心区，范围从西口东侧起，南至杨林寨堤边，东接横岭湖，北至杨四湖废堤，面积7200公顷，范围在东经112°43′-112°52′，北纬28°39′-28°45′之间；畎口核心区包括官司潭、竹山头、狗四坳一带的水域面积3000公顷，范围在东经112°39′-112°43′，北纬28°44′-28°48′之间；荷叶湖核心区为整个荷叶湖水域，面积1800公顷，范围在东经112°49′-112°53′，北纬28°52′-28°55′之间。各核心区保护的侧重点有所不同。西口核心区主要保护鱼类及其它水生动物的产卵和索饵场；畎口核心区主要保护鱼类及其它水生动物的越冬和产卵场；荷叶湖主要保护鱼类及其它水生动物的越冬和索饵场。保护区内除核心区外为实验区。主要保护对象有大口鲶、青虾、中华鳖，其他保护物种包括青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲤、鳊、鲫、鳜、鱤、乌鳢、黄颡、黄鳝、秀丽白虾、三角帆蚌、中华绒螯蟹、乌龟等。