1958年12月由原县委、县人委机关档案室合并，组建南安县档案馆，直至1966年。1966至1976年，由于文化大革命历史原因，档案机构被撤销，至1977年才恢复南安县档案馆，1982年4月正式成立南安县档案局。

南安市档案馆是中共南安市委、市政府直属的文化事业机构，是保存和管理南安市党政机关、群众团体及重要企事业单位各种门类、各种载体档案资料的国家综合性档案馆。

1996年8月，南安市实施机构改革，南安市档案局与南安市档案馆合并，改为市委直属正科级事业单位，保留档案局牌子。2000年11月经批准，局（馆）列入参照国家公务员制度管理范围，内设办公室、监督指导科和管理技术科三个科室，现有干部职工14人。南安市综合档案馆新大楼于2001年12月竣工，座落于南安市柳新路市委、市政府机关大院内，大楼共七层，总建筑面积6200平方米，馆库面积3720平方米，建成档案密集架200立方米，各库房还配置火灾自动报警、灭火、去湿、空调等设备，达到防潮、防高温、防污染、防光、防尘、防虫、防霉、防雷、防震和防盗等“十防”要求，确保档案的安全。馆内配有电脑、激光打印、复印、照相、刻录等办公设备。

馆藏档案有132个全宗近5万卷，其中民国档案1个全宗计2844卷。馆藏资料有1万多册。其中包括马克思、恩格斯、列宁、毛泽东、邓小平等革命导师和领导人的著作，国家法令政策汇编、史志、工具书，中央、省、市的部分报刊、杂志。本馆还收藏有明、清、民国、当今的本县（市）各个时期的县（市）志，还有清代古籍、民国时期的部分报纸、部分姓氏家族谱以及中央、省、市级领导和名人的题词墨宝、具有南安地方特色的资料等。