中国人民银行第一届硕士生，1998年任人民银行金融研究所副所长，此后在香港任中央政府驻香港联络员办公室经济部副主任，2002年后任货币政策司副司长，2003年任研究局局长兼金融研究所所长。2004年9月出任中国人民银行金融市场司司长。

4月23日中午消息路透社引述消息人士称，人民银行金融市场司司长穆怀朋将出任香港金管局顾问，是历来最高级别央行官员出任香港金管局顾问。