马吉水电站是怒江水电基地两库十三级开发方案的第3级，上游为丙中洛水电站，下游为鹿马登水电站。马吉水电站位于福贡县马吉乡李不虾村下游2km、古打河口下游附近。马吉坝址区主要岩性片麻岩、混合岩。坝址区地震基本烈度为Ⅶ度。

马吉水电站装机容量4200MW，水库正常蓄水位1570m，正常蓄水位相应库容46.96亿m3，调节库容31.77亿m3，库容系数7.93%，为一年调节水库。电站保证出力1547.5MW，多年平均发电量189.7亿kW·h。水库淹没人口19830人，淹没耕地24813亩。

拦河坝采用抛物线型双曲坝拱坝。最大坝高300m，厂房初拟采用地下式。电站装机六台，单机容量700MW。

初步排定本梯级的工程准备工期2年，工程主体工期6年，工程完建工期2年，首台机组发电工期8年，总工期10年。

初步估算电站静态总投资1845162万元，单位千瓦投资4393元/kW，单位电能投资0.972元/kW·h。