逻辑隔离主要通过逻辑隔离器实现，逻辑隔离器是一种不同网络间的隔离部件，被隔离的两端仍然存在物理上数据通道连线，但通过技术手段保证被隔离的两端没有数据通道，即逻辑上隔离。一般使用协议转换、数据格式剥离和数据流控制的方法，在两个逻辑隔离区域中传输数据。并且传输的方向是可控状态下的单向，不能在两个网络之间直接进行数据交换。

逻辑隔离又叫协议隔离，国家标准对逻辑隔离是这样定义,，协议隔离：指处于不同安全域的网络在物理上是有连线的，通过协议转换的手段保证受保护信息在逻辑上是隔离的，只有被系统要求传输的、内容受限的信息可以通过（GB17859-1999和GB/T20271-2006中确立的术语）。双硬盘隔离卡属于物理隔离，单硬盘隔离卡属于逻辑隔离。

逻辑隔离有两种情形：一种是数据存储有物理连接，单硬盘隔离卡在隔离的时候数据是放在同一个硬盘上，数据存储没有物理上的断开，虽然可以采用软件技术控制内外网数据放于不同区域，但是数据还是有物理上的连接，所以不属于物理隔离。另外一种是网络有物理连接，有些单位在装上双硬盘隔离卡时，将内外网通过一条网线连接到电脑网卡，通过在交换机两个不同的IP段，来控制IP地址，虽然这两个网络也是不可互相访问，但是两个网络的数据是在同一条线路上传输，网络的数据没有物理上的断开，也是逻辑隔离。这种情况下如果要实现物理隔离，必须内外网有单独的交换机。