基因沉默是指在真核生物（植物、动物、真菌）中保守的由双链RNA诱导的鉴定和破坏其细胞质中异常变异或过表达的RNA的一种机制。

RNA 沉默(RNA silencing)或基因沉默(gene silencing)是广泛存在于植物、动物、线虫和真菌等真核生中的一种高度保守的、序列特异的 RNA 降解机制. RNA 沉默对于调控发育、维持基因组的稳定性以响应生物和非生物胁迫等具有重要作用. 自 20 世纪 90 年代初期被发现以来, RNA 沉默已迅速成为生学领域的研究热点. 植物中的RNA沉默根据作用靶标可以分为两类: 以RNA为靶标, 使其降解或抑制白翻译, 称为转录后基因沉默(post-transcriptional gene silencing, PTGS); 以染色质为靶标, 使其基因启子或组蛋白甲基化从而抑制 RNA 转录的起始, 称为转录基因沉默(transcriptional gene silencing, TGS).

植物可利用 PTGS 和 TGS 来抵抗病毒侵染, 病毒侵染植物后会产生大量病毒来源的小 RNA (virus-derived small interfering RNAs, vsiRNA), 介导对病毒 RNA 的降解或抑制病毒基因的转录; 而在与植物长期共进化过程中, 病毒编码一个或多个RNA沉默抑制子(viral suppressor of RNA silencing, VSR)来抑制植物的基因沉默, 从而逃脱植物的这种防卫反应. 近年来, 针对病毒基因沉默抑制子作用机制的研究表明, 病毒编码的基因沉默抑制子通过与植物基因沉默通路中的RNA或者关键蛋白分子相互作用, 抑制植物对病毒的抵抗, 干扰植物正常的基因表达调控. 深入了解 vsiRNAs 的起源与组成、调控基因表达的潜力, 以及病毒编码的基因沉默抑制子的作用机制, 将有助于我们更好地了解植物与病毒之间是通过怎样复杂的相互作用来实现共同进化的, 进而为植物病毒控制提供新的策略.