西门岛海洋特别保护区是浙江省首个海洋特别保护区，保护区范围约30000亩，总体上分成两大功能区，即环岛滨海生态保护景观区和南涂生态保护开发区。环岛滨海生态保护景观区分为红树林生态保育核心区、滨海红树林绿化带、红树林种植科普区、湿地水鸟观赏区、海上牧场观光旅游区和水上运动娱乐区6个亚区。西门岛南涂生态保护开发区分为湿地珍稀鸟类保护区、滩涂生态渔业开发区2个亚区。