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这种方法需要精密的打印装置。虽然芯片的集成度相对较低，可达1万~10万点阵/平方厘米，但使用的探针组的来源比较灵活，可以是合成的寡核苷酸短片段，也可采用来自基因组的较长的DNA片段；可以是双链，亦可采用单链的DNA或RNA片段，且技术实现未受到严格的专利控制，因而近年来发展很快。
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