| 词条 | 比较基因组学 |
| 释义 | § 比较基因组学 比较基因组学（comparative genomics），可以用于分子序列的进化研究。从各种基因结构与成分的进化、密码子使用的功能，到进化树的构建，理论和实践上的课题都等待生物信息学家的研究。其中河豚、鼠、猪、牛和马的基因组与人基因组的比较研究，秀丽隐杆线虫与人基因组的比较研究、酵母与人基因组的比较研究，支原体与嗜血流感杆菌基因组的比较研究，都取得了成果，从比较中分离到一些人类遗传病的候选基因，鉴定了一些新克隆的基因，为人类基因组的分析提供了有益的数据。 § 基于完整基因组数据的生物进化研究 1、序列相似性比较。就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等。 2、序列同源性比较。是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 3、构建系统进化树。根据序列同源性分析的结果，重建反映物种间进化关系的进化树。为完成这一工作已发展了多种软件包，象PYLIP、MEGA等； 4、稳定性检验。为了检验构建好的进化树的可靠性，需要进行统计可靠性检验，通常构建过程要随机地进行成百上千次，只有以大概率（70%）出现的分支点才是可靠的。通用的方法使用Bootstrap算法，相应的软件已包括在构建系统进化树所用的软件包当中。[1] |
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