孔贞运（?—1644），字开仲，号玉横，建德（今安徽东至县）人。孔子63代孙。

明万历四十年（1612）以句容客籍举应天乡试。四十七年（1619）登已未科殿试一甲第二名（榜眼），赐进士及第，授翰林院编修。泰昌元年（1620）同伯兄贞时篡修神宗实录并六朝奏章。熹宗时又篡修光宗实录。天启七年（1627）朝廷按其资格允原衔，充日讲起居注官。其时魏忠贤把持朝政大权，陷害忠良。朝臣多按魏的意图行事，贞运不畏权势，不与魏往来。崇祯元年（1628），任国子监祭酒。九年（1636），官至礼部尚书兼文渊阁大学士，不久又加封太子太保。崇祯末年，贞运忧劳成疾，辞官归里。明亡，贞运不胜哀恸，不久病故。

按孔贞运于明崇祯十年十二月二十七日撰《明资政大夫正治上卿兵部尚书节寰袁公偕配诰封夫人宋氏合葬墓志铭》，墓铭近五千字，文辞优美流畅。款署“赐进士及第柱国光禄大夫太子太保礼部尚书兼文渊阁大学士总裁国史玉牒同知制诰起居经筵日讲通家侍生孔贞运顿首拜撰”。节寰袁公即袁可立，明廉直名臣，河南睢州（今睢县）人，官至兵部尚书太子少保，南都加赠光禄大夫太子太保。

江苏采辑遗书目录·集部：

在鲁斋集　编修江左孔贞时著

按此集首诏勅笺表，次诗文杂著。共五卷。刊本

﹝笔眉批：孔贞时即孔相国贞运之兄，「有」字误写。江左池州建德县人（今改至德）。﹞(叶44下,张升编本册4,页454)

孔贞时，原讹作孔有时。据笔校改。由此校阅者所批，亦可见孔贞运家世之一端矣。