基础小体（basal body）：位于鞭毛根部，嵌在细胞壁和细胞膜中。革兰阴性菌鞭毛的基础小体由一根圆柱、两对同心环和输出装置组成。其中，一对是M环和S环，附着在细胞膜上；另一对是P环和L环，附着在细胞壁的肽聚糖和外膜的脂多糖上。基础小体的基底部是鞭毛的输出装置，位于细胞膜内面的细胞质内。 基底部圆柱体周围的发动器为鞭毛运动提供能量， 近旁的开关决定鞭毛转动的方向。革兰阳性菌的细胞壁无外膜，其鞭毛只有M、S一对同心环。