福建医科大学药学院是一个具有全日制与成人教育等多种办学形式，学士－硕士－博士等多种人才培养层次，集教学、科研、开发与社会服务为一体的高等药学教育机构。福建医科大学于2000年4月开创药学本科教育，于2004年5月在药学系的基础上成立药学院。学院设有四年制本科专业为：药学、药学（临床药学专业方向）、药学（药物制剂专业方向）和药学（药物分析专业方向），拥有药理学博士学位授权点和药学一级学科硕士学位授权点，福建省高校药理学重点学科，福建省高校天然药物药理学重点实验室，及中央与地方共建高校药理学与毒理学基础实验室

目前在校本专科学生1089人、博硕士研究生73人。历届已毕业本专科学生659人、博硕士研究生62人，毕业生深受用人单位欢迎，他们中的许多人正在成为药学领域的业务骨干。药学院为医药事业创新人才的成长提供了广阔的舞台。

学院具有一支年轻的、专业的、充满凝聚力和朝气的教师队伍，有教职员工80人，其中专职教师56人，教授7人，副教授及副高级职称18人，博士生导师4人，硕士生导师14人，专职教师中具有硕士学位以上者达76%，其中博士学位者14名。学院有3名教授为留美回国学者，享受国务院特殊津贴专家2人，入选福建省“百千万人才工程”3人，全国高校优秀骨干教师1人。药学院教授在药学领域享有较高的知名度，在全国性学术学会担任的重要学术职务有：中国药理学会理事、中国药理学会肿瘤药理专业委员会副主任委员、中国药理学会神经精神药理专业委员会委员、中国抗癌协会抗癌药专业委员会副主任委员、中国药学会生化与生物技术专业委员会委员、中国药学会药事管理专业委员会委员、教育部药学类教学指导分委员会委员、中华医学会卫生化学专业委员会委员、中国生化学会生物毒素专业委员会委员、《中国药理学通报》和《中国生化药物杂志》等多种学术期刊编委等。

2000年以来，经省教育厅评选，《药理学》和《药物分析》2门本科课程被评为省级精品课程，《药理学》研究生课程被评为省级优质硕士课程，药理学教学团队被评为省级教学团队，药学院实验中心被评为省级实验教学示范中心，《机能学实验》获省优秀教学成果二等奖。参编、主编全国规划教材和专著达30部，其中主编3部。

药学院以福建省重点高校建设为契机，以福建省高校药理学重点学科为龙头，带动新药研究相关学科的建设，初步建成一个集药物化学、药理学、临床前评价为一体的开放式、综合性、现代化的新药研究创新平台――福建省生物医药工程研究中心,初步形成了福建省创新药物研发团队，为福建省医药相关行业提供产业化技术支撑体系。现建有科研实验室面积达2500m2，有5万元以上仪器设备22台，仪器设备总价值1500万元。学院形成了相对稳定、具有一定特色的研究方向：①肿瘤药理研究；②神经药理研究；③生物肽生化药理研究；④天然药物研究；⑤新药临床前评价研究；⑥纳米电化学生物传感器的研究。姜黄素抗癌作用的分子机理，褪黑素镇痛和抗吗啡依赖作用及其中枢机制，生物传感器与药物分析和疾病诊断的基础与应用研究等研究领域取得突破性进展，得到国内外同行好评。新药研发工作也取得进展，目前正在开展国家一类抗癌新药临床前研究1个；获得药用活性物质10个，具有开发成一类新药苗头的7个姜黄素衍生物以及3个钩吻生物碱单体。2000年以来，获得省科技进步二等奖2项，三等奖3项，国家专利授权2项；累计发表科研论文200余篇，SCI源期刊收录论文30篇；获得包括国家863计划项目1项、国家自然科学基金4项、省重大重点项目6项等52项国家、省（部）级科研课题立项，科研经费总计达410万。学院还成功承办了“第七届全国肿瘤药理与化疗学术会议”，“第十一届全国神经药理学术会议”和“第七届全国生物毒素学术会议”大型全国性学术会议，扩大学院的影响，增强了与国内外同仁的交流合作，受到同行专家教授的高度赞誉。