始建于1978年的准格尔旗中心医院前身为神华准能职工总医院。经过全体员工近30年的团结拼搏与建设奋斗，现已建成鄂尔多斯东部集医疗、预防、保健、科研、教学和计划生育指导为一体的综合性医院。1996年晋升为国家二级甲等医院，1999年被国家卫生部评定为“爱婴医院”，2000年被评为内蒙古自治区“百佳医院”，被国家卫生部指定为国际紧急救援中心网络医院之一。

医院占地面积27147.51m2，建筑面积18217m2，其中病房楼5700多平方米，门诊楼3900多平方米，医技病房楼3600多平方米，感染病房楼920多平方米。医院在编职工330人，其中卫生技术人员281人，占全院人员总数的85.1%，高级职称47人，中级职称91人。医院开设病床173张，设临床科室17个，医技科室7个，行政职能科室10个，社区卫生所2个，有鄂尔多斯市级重点学科2个。

医院现拥有价值在10万元以上的大中型高新先进诊疗设备40余台套，包括美国GE公司产GEProspeed型全身CT机，先进的多功能彩色多普勒B超诊断仪、多功能数字化胃肠造影机、日本东芝多功能X光机、美国产全自动中心监护仪、日本产OLYMPUS—AU400全自动系列生化分析仪、血球计数仪、美国产动态心电图机、日本产多功能胃肠造影机、芬兰产口腔曲面X光机、美国产24小时动态心电图仪、全自动离子仪、血气分析仪、功能齐全的呼吸机、床边X光机、氩气刀、分娩监护仪、纤维膀胱镜、纤维电子胃镜、纤维十二指肠镜、阴道镜、美国史赛克的腹腔镜、关节镜、支气管镜、输尿管镜、前列腺电切镜等，以及目前内蒙古自治区内最大的医用高压氧舱等先进设备，可开展诊疗项目250多种。120急救中心，配备5辆急救车，具备了大型突发性事故、交通事故现场抢救功能，极大地提高了急诊抢救的成功率，成为急重危患者的绿色生命通道。

近几年来，准格尔旗中心医院不断拓展医疗业务和服务范围，不断加强专科和特色专科建设，不断开展新的医疗技术项目，不断加强重点学科建设，部分科室的专业技术已经达到鄂尔多斯市领先水平。医院1995年被定点为内蒙古医学院、内蒙古医药专修学院、伊盟卫校、乌盟卫校的教学实习医院，先后完成了年近500余名实习学生的实习培训和270余名周边医院进修学员的教学任务。2004年以来的三年内，共开展22项新技术、新项目，在国家级医学杂志和论文集中发表医学论文42篇。