种群瓶颈效应或人口瓶颈是指某个种群的数量在演化过程中由于死亡或不能生育造成减少50%以上或者数量级减少的事件。种群瓶颈可能促成遗传漂变。种群瓶颈发生后，可能造成种群的灭绝，或种群恢复但仅存有限的遗传多样性。

动物

一个例子是猎豹 (Acinonyx jubatus)，由于猎豹彼此之间的关系过于相近，猎豹之间的直接皮肤移植已经不会引发任何免疫反应。猎豹也遭受低精子浓度、低精子活动力及畸形精子鞭毛等问题[1]。科学家推测，猎豹约在一万年前的上一个冰河期中经历了种群瓶颈，加上长年近亲交配，因而造成其基因库寡少情形，使得族群对于疾病没有什么应变能力；如致命的猫科传染性腹膜炎 (Feline infectious peritonitis)，在家猫中的致病率约1% - 5%，但在猎豹中的发病率高达50% - 60%。

根据2002年的一份研究报告，4万3000年前大熊猫遭遇了种群瓶颈效应，造成现在濒于绝迹的状况。