中国农业科学院甘薯研究所的前身为1959年成立的中国农业科学院薯类研究所。该薯类研究所于1962年撤并至现名为江苏徐淮地区徐州农业科学研究所，使该所的甘薯专业得以迅速发展并于1984年建成现名为江苏徐州甘薯研究中心的甘薯专业研究机构，与江苏徐淮地区徐州农业科学研究所共属一套管理机构。1996年中国农业科学院在此建立国家种质徐州甘薯试管苗库，1999年经农业部批准建立国家甘薯改良中心，成为全国十二大作物改良中心之一。2001年被国家外专局命名为国家甘薯引进国外智力成果示范推广基地，2002年增挂中国农业科学院甘薯研究所的牌子，2006年被农业部命名为首批重点野外科学观测站国家种质徐州甘薯野外科学观测试验站。现为中国作物学会甘薯专业委员会、国家甘薯品种鉴定委员会、国家外专局引智推广基地、国家种质徐州甘薯试管苗库、国家甘薯区试的组织协调单位、江苏省甘薯脱毒研究开发中心、徐州师范大学硕士研究生培养点。 现设有甘薯品种资源、甘薯遗传育种、甘薯栽培与加工、甘薯病虫害等4个甘薯研究专业以及徐州食品实验厂，江苏徐农种业科技有限公司等，共有职工400多人，其中在职职工近200人；含高、中级科研人员149人，博士与硕士生18人。拥有高标准试验田800余亩，建有各类实验室8个，配备各类科研仪器200余台（套）。自“六五”以来，年均承担国家，省，市科技攻关课题和国际合作项目数十项，近年来达80余项，累计育成各类农作物新品种103个，研究栽培技术192项。现承担着国家甘薯品种资源的收集、评价、保存和利用，甘薯新品种选育，甘薯育种材料和方法研究，配套栽培技术及加工利用研究，以及甘薯脱毒技术的开发利用研究等重大攻关课题。"十五"以来先后承担着国家高科技发展计划"863"计划甘薯高校育种技术和优质多抗专用新品种选育，分子标记育种技术，能源材料的选育等课题。欧盟抗甘薯复合病毒品种的选育；国际马铃薯中心甘薯品种资源评价，中国甘薯无性系的鉴定，中国甘薯加工品质的评价，高淀粉品种选育等国际合作课题；国家技术大平台建设，资源保护等基础项目。以常规育种为优势，先后育成栗子香、新大紫、52－45、徐薯18、苏薯3号、苏薯6号、徐薯43－14、苏薯7号、徐紫薯1号、徐薯22、徐薯23、徐薯24、徐薯25等18个优良品种。特别是高产抗病品种徐薯18育成后，彻底改变了我国生产用种由日本品种一统天下40余年的局面，徐薯18年最高推广面积达153.3万ha。据农业部种子总站统计，徐州甘薯自育品种推广面积占全国甘薯育种推广面积的50％左右，累计经济效益达110多亿元。近年来参加编写论著10部，在《中国农业科学》、《作物学报》等省级以上刊物发表论文180余篇，主持创办的学术刊物《中国甘薯》已出版8卷。完成的甘薯病毒的汰除、检测技术及脱毒苗生产程序的研究，居世界领先地位，使农业高新技术直接用于生产，促进了我国甘薯生产一次新的革命，并获得了大面积增产效果，其增产率普遍在20％以上，最高可达80％以上。在甘薯科研中取得了令人瞩目的成就。自1978年以来，先后取得20项科技成果，包括国家级成果5项，部省级成果9项，其中高产抗病甘薯新品种徐薯18荣获国家发明一等奖，闻名于全世界。甘薯骨干亲本的研究和利用荣获1998年度农业科技进步一等奖和国家科技进步三等奖。甘薯脱毒技术及其应用新近荣获徐州市重大科技成果奖和农业部科技进步三等奖。甘薯脱毒薯生产技术体系研究与应用获2002年度江苏省科技进步二等奖，亚蔬甘薯资源材料的引进利用及苏薯7号等品种的选育推广获2003年读江苏省科技进步三等奖，甘薯种质资源评价、创新及育种利用获2004年度中国农科院科技成果一等奖。