中国民用航空总局民用航空医学中心于2005年6月24日宣布成立，为民航总局直属事业单位。中心是在原中国民用航空医学研究室和民航总局空勤人员体检鉴定室的基础上组建的，内设机构为办公室、航空人员医学鉴定室、航空医学研究室、航空卫生办公室和培训部等5个处级机构。

中心负责民用航空医学研究和空勤人员健康鉴定的有关工作，并根据授权制定民航总局航空卫生管理规章和技术标准，参与航空卫生监督检查，组织实施航空卫生管理、航空人员体检鉴定、航空卫生保障、应急救护、突发公共卫生事件应急处置等业务技术培训工作。