新疆艺术学院民族音乐学研究所的前身“音乐创作研究室”成立于1987年，主要由邵光琛、王慎慈、玉赛因主持，进行木卡姆及新疆少数民族音乐和史料研究、创作和相关课程的民文教材建设，人员编制7-10人。并对处在失传危机中的音乐文化资源进行调查、整理和研究，曾对继承与创新做出过积极贡献。 新疆地处丝绸之路枢纽地段，自古以来便是东西方经济、文化艺术交流和融汇之地。在这个背景下积累起来的新疆少数民族传统音乐呈现出多元荟萃的独特景观。它们中分布着中国、欧洲、波斯——阿拉伯三大音乐体系，包含着大量历史上东西方音乐文化交流的重要信息，为民族音乐学研究所的成立与研究提供了丰厚的研究资源。

1996年学院为了扩大建设与发展，弘扬先进文化，更好地服务于社会文明建设，带动学术研究向纵深发展，进一步加大中外文化的交流，以及音乐史料的收集、民族音乐遗产的抢救等工作的力度，在自治区党委和各位领导的亲切关怀下，成立了新疆艺术学院民族音乐学研究所。该所是全国较具民族音乐文化特色的音乐学术研究机构，由著名民族音乐学研究员周吉先生、赵塔里木教授、苏来曼教授、努斯来提·瓦吉丁教授共同主持。在他们的带领下，民族音乐学研究所粹集自治区音乐学科的精英，申报课题，翻译中外文重要音乐文献，研究发展民族优秀音乐文化，著书立说，近年来，为自治区民族音乐学的研究做出了一定的成绩。

民族音乐学研究所在学院党委的带领下，明确办所方向，精简机构，实行“科研任务、课题聘任制”，以全院科研发展规划为根据、提出一系列挖掘、整理、研究民族音乐遗产以及探索发展和弘扬民族优秀音乐文化的规律的研究课题。聘“能愿”研究者有任务有酬报之研究员或副研究员、助理研究员，侧重抢救新疆各民族、民间音乐艺术遗产，收集、整理、研究、弘扬。并与我国各少数民族、跨界各少数民族音乐进行比较研究。成果用于教学、理论创新、遗产保护。将民族音乐学研究所办成具有“人才培养、科学研究、文物博览”三大功能的院所合一的直接服务于教学的科研机构。所完成的科研课题、创编的教材、曲、剧目，计算科研工作量。