新疆龟兹研究院的前身是成立于1985年的新疆龟兹石窟研究所，是自治区文化厅、文物局唯一驻南疆的直属文博事业单位。25年来，它从文管所、研究所已发展成为集新疆石窟文物保护、管理和研究为一体的综合专业机构，一直担负着对古龟兹地区的9处全国重点文物保护单位，共600多个佛教石窟近2万平米壁画的科学保护、管理和研究任务。

该院所管辖的石窟分布在库车、拜城、新和三县境内的戈壁荒漠之中，分布范围达960平方公里，相距500多公里，工作和生活条件十分艰苦。多年来，该院始终坚持“保护为主、抢救第一、合理利用，加强管理”的方针、按照“科学发展、和谐建院”的理念，克服种种困难，除了积极配合、参与国家和联合国教科文组织实施的相关保护项目外，还组织专业保护人员对所管辖的石窟进行日常监测和抢救性加固保护与修复，使濒临损毁的壁画文物得到了有效的保护，为新疆佛教石窟管理和研究作出了突出贡献。