新东孚站是厦深铁路厦门枢纽的重要组成部分，为厦深铁路、龙厦铁路和鹰厦铁路共用车站，将分二期施工建设。首期工程将建设鹰厦铁路下行正线及六股道的到发线，预计于10月底完成。新站建成投用后，原有的鹰厦铁路东孚站停止使用，为厦（门）成（都）高速公路及其他交通通道的下穿隧道工程“让路”。旧站停用的同时，将启用新东孚站。

新东孚站由到达场、出发场和编组场组成，需要修建到达线、出发线、调车线、机走线等主要站线59条，还需建设迂回线、安全线、牵出线、渡线等其他辅助站线48条，全站站线将达107条，是闽西南地区最大的铁路编组站，也是全国名列前茅的大型编组站之一。同时，该站附近还将建成机务段，成为火车头“仓库”，为闽西南地区列车提供牵引动力。