武汉音乐学院音乐研究所,其前身可追溯到湖北艺术学院于1956年成立的“湖北民间音乐研究室”。后经多年的研究与积累，1978年学院正式建立“音乐研究所”，1985年随着学校的更名，定名为武汉音乐学院音乐研究所。

经过半个多世纪建设，武汉音乐学院目前已拥有了一支年龄结构合理、研究实力较强的科研队伍，在音乐学诸多领域，如作曲技术理论与计算机音乐、民族音乐学、音乐考古学、乐律学、宗教音乐研究，都产生了在学术界有影响的成果。

2003年经湖北省教育厅批准，学院以音乐研究所为基础，成立了“湖北高校重点人文社会科学重点研究基地——长江传统音乐文化研究中心”，主要从事对长江传统音乐文化的研究。同时保留学院音乐研究所的职能与建制，研究所并入科研处，主要从事学院传统优势学科领域的研究。包括作曲技术理论与计算机音乐、民族音乐学学科以及相关研究领域如音乐考古、宗教音乐、乐律学、音乐声学、音乐表演的研究。现设有2个科研创新团队：“长江领域音乐文物研究与开发—— 省级团队和 “新媒体艺术－人机交互、音画互动的艺术语言”院级团队；6个院级科研、艺术中心：即计算机音乐中心、中国音乐考古中心、中国道教音乐研究培训中心、音乐声学中心、许忠钢琴表演艺术中心、林耀基小提琴艺术中心