2008年8月6日，铜陵淡水豚国家级自然保护区管理局正式成立。新成立的铜陵淡水豚国家级自然保护区管理局与国家（铜陵）环境保护长江重点水生野生动物保护中心实行两块牌子，一套人马，合署办公。保护区管理局的成立，不仅有利于加强保护区的科学研究和对外交流，更有利于保护区管理工作走上规范化。 2000年12月，安徽省人民政府批准在安徽省铜陵白鱀豚养护场基础上建立铜陵淡水豚类省级自然保护区。2003年6月，国家环保总局以环函（2003）182号文批准建立国家环境保护长江重点水生野生动物保护中心，2004年4月，省机构编制委员会以皖编办[2004]57号文同意将安徽省铜陵白鱀豚养护场更名为国家（铜陵）环境保护长江重点水生野生动物保护中心。2006年2月，国务院办公厅以国办发[2006]9号文批准将铜陵淡水豚类省级保护区晋升为国家级自然保护区。保护区位于长江下游的安徽江段，上至枞阳县老洲，下至铜陵县金牛渡，全长58公里，总面积31518公顷。

保护区经过多年建设，现已初具规模，有一支高素质的专业技术队伍，专业分别为动物学、生态学、水产学、环境科学等。各项基础设施建设完备，近年来，在江豚迁地保护方面做出了一定成绩，实现了世界上首例人工管护下江豚的繁殖。

多年来，保护区的工作得到了国家、省、市环保部门及市委、市政府的大力关心、支持，还得到了市财政、市发改委、市旅游局、市交通运输管理局、市水利局、市渔政、海事、水上公安等兄弟部门的密切配合，使保护区的各项工作迈上了新的台阶。到目前为止，已有10多个国家，50多位鲸类专家、学者先后来保护区考察、讲学，国内著名学者、专家对保护区也非常关心，对保护区工作都提出很好的意见和建议。