脊椎动物中含同源盒结构的基因，即同源盒基因所编码的蛋白质。它们是神经系统的主控发育基因。

同源盒基因目前有Hox，Pax和Lim同源盒基因等几大类。

其中Hox同源盒基因有4个基因簇，主要表达在脊髓，少量表达在后脑。目前认为Hox基因的表达与中枢神经在发育中的分区有关，为不同神经元的发育提供位置特征。

Pax为配对盒基因。现在已成功筛选分离到9种不同的小鼠Pax基因（Pax1-9）。研究表明，Pax基因的早期表达与神经系统发育中空间和时间的局限性有密切关系，提示Pax基因在某些诱导过程，特殊细胞的分化及神经发育过程中各种解剖界限的建立等方面有着重要作用。

Lim同源盒基因家族的成员多达十几种，它们绝大多数在特定的神经元亚群中表达，参与特定神经元的发育，如Lhx4和Lhx3可共同参与调控运动神经元的发育，轴突寻路及特异性联结的形成。考虑到神经的再生往往是个体发育的重演，因此推测同源盒蛋白可能在神经再生中也有作用。