通州区档案馆始建于1958年10月，1960年2月通州撤区设县，改称通县档案馆，1968年11月机构撤销，1980年9月恢复。1997年9月，撤县设区，更名为通州区档案馆。1996年被县委、县政府命名为“爱国主义教育基地”，2002年被北京市政府命名为“北京市级爱国主义教育基地”。 其主要职能是：1、开展档案的接收和征集工作，不断丰富馆藏。2、科学地管理档案。3、开发档案信息资源，为社会提供档案服务。4、参与编史修志，编辑各种史料。5、充分发挥爱国主义教育基地的作用，广泛开展社会教育工作。

截止到2005年底，通州区档案馆馆藏125个全宗，共有档案124201卷。其中永久74660卷，长期档案49036卷，短期505卷，排架总长度1463.8米。起止年度1791—2003年，最早的档案是清代乾隆年间（1791年）的民间地契。